Cụ thể, với các trường hợp chứng minh được giá vốn và các chi phí liên quan thì áp dụng thuế suất 25% tính trên thu nhập chịu thuế. Mức thuế phải nộp sẽ bằng giá chuyển nhượng trừ đi giá vốn và các chi phí liên quan đến hợp đồng chuyển nhượng) nhân với 25%. trong đó, giá chuyển nhượng là giá ghi trên hợp đồng chuyển nhượng của người mua mới. Giá vốn là giá ghi trên hợp đồng góp vốn để hưởng quyền mua nhà, mua căn hộ đã ký với tổ chức, cá nhân kinh doanh bất động sản. Các chi phí liên quan đến hợp đồng chuyển nhượng là các chi phí liên quan trực tiếp đến việc chuyển nhượng (nếu có phát sinh và có hóa đơn, chứng từ hợp pháp).

   Theo Tổng cục Thuế, giá vốn và chi phí liên quan trực tiếp đến việc chuyển nhượng được chia ra hai trường hợp. Đối với những cá nhân có vay vốn của các tổ chức tín dụng để mua căn hộ, nền đất, nếu có chứng từ trả lãi phù hợp với hợp đồng vay thì khi xác định thu nhập chịu thuế, khoản trả lãi được xác định là chi phí hợp lý. Đối với các trường hợp chỉ mới góp một phần vốn (chưa nộp đủ số tiền theo hợp đồng) thì giá vốn sẽ bằng tổng số vốn phải góp theo hợp đồng trừ đi phần vốn góp còn thiếu (chưa nộp).

   trường hợp không chứng minh được các chi phí phát sinh hợp lý thì sẽ áp dụng thuế suất 2% tính trên giá chuyển nhượng. Nghĩa là, nếu không xác định được giá chuyển nhượng thực tế hoặc giá ghi trên hợp đồng thấp hơn giá thị trường tại thời điểm chuyển nhượng thì cơ quan thuế phải ấn định giá. Việc ấn định được thực hiện theo nguyên tắc: phần giá trị đất được xác định theo bảng giá đất do UBND cấp tỉnh quy định; phần giá trị nhà được tính theo bảng giá tính lệ phí trước bạ do UBND tỉnh ban hành.

   trường hợp hợp đồng gốc đã được chuyển nhượng qua nhiều chủ và đã làm thủ tục chuyển nhượng trước ngày 26/9 (thời điểm Thông tư 161 có hiệu lực) nhưng không xác định được giá vốn của người đứng tên trên hợp đồng hiện tại hoặc giá chuyển nhượng ghi trên hợp đồng chuyển nhượng thấp hơn giá do UBND cấp tỉnh quy định, cơ quan thuế phải ấn định giá chuyển nhượng theo cách trên.